فقد جعل الامام الهادي (ع) من مدرسته الفكرية في مسجد الرسول (ص) في المدينة المنورة محجّة للعلماء وقبلة يتوجه إليها طلاب العلم والمعرفة في ذلك الزمان في شتى العلوم..

تسلّم الامام علي بن محمد الهادي(عليه السلام) شؤون الامامة في العام 220 للهجرة حيث كان عمره حوالي ست سنوات. وقد عانى الامام(ع) الكثير والكثير من الظلم والاضطهاد من خلفاء بني العبّاس. كان الامام الهادي(ع) خير أهل الأرض وأفضل من برأه الله تعالى في عصره، ولذلك رجع علماء عصره والفقهاء الى رأيه في المسائل المعقّدة والغامضة من أحكام الشريعة الاسلامية.

الباحث والكاتب العراقي "جميل ظاهري" في موقع إيكنا :

فقد جعل الامام الهادي (ع) من مدرسته الفكرية في مسجد الرسول (ص) في المدينة المنورة محجّة للعلماء وقبلة يتوجه إليها طلاب العلم والمعرفة في ذلك الزمان إذ نقلت عن لسانه الشريف الكثير من الآراء الفقهية والعقائدية والكلامية والفلسفية من خلال أسئلة أصحابه والمناظرات التي كان يجيب فيها على تساؤلات المشكّكين والملحدين بالحجة والمنطق... وبذلك احتل مكانة محترمة في قلوب الناس مما أزعج السلطة العباسية أن يكون للامام هذا الدور والموقع والتأثير، فأحاطوه بالرقابة وعناصر التجسس لمعرفة أخباره ومتابعة تحركاته.

وشهدت الدولة العباسية آنذاك نوعاً من الضعف والوهن السياسي والاداري وتسلّط الأتراك وتحكّم الوزراء وضعف شخصية الخلفاء طيلة عهود المعتصم والواثق العباسيين مما سمح للامام الهادي (ع) أن يتحرك بشكل واسع في ظل المناخ الفكري الخصب، ولكن الأمور تغيّرت في عهد المتوكل العباسي الذي كان يحقد حقداً شديداً على أهل البيت(ع) حيث سعى وبكل الوسائل من التعرض لسمعة أمير المؤمنين الامام علي بن أبي طالب (ع) والاستهانة به.

كما قام بفعلته الشنيعة بحق الحائر الحسيني المقدّس فأمر بهدمه والتنكيل بزواره. وقد عانى العلويون في زمانه شتى ألوان الأذى والاضطهاد، وفيما كان الامام الهادي (ع) يحمل الرمز الهاشمي العلوي ويمثل محوراً دينياً مهماً في البلاد الاسلامية آنذاك لذا عهد المتوكل العباسي على أمر المدينة المنورة لأحد أشد أعوانه وأخبثهم وهو "عبد الله بن محمد" فكان يتحيّن الفرص للاساءة الى الامام (ع) ويعمل على أذيته ويرسل التقارير والوشايات للايقاع به، فكانت تصل إلى المتوكل أخبار مشحونة بالتفاف الجماهير حول الامام الهادي (ع) وورود الأموال الطائلة إليه من مختلف اقطار العالم الاسلامي وهو ما ينذر بخطر كبير على الدولة العباسية الحاقدة، وإتماماً لهذه المؤامرة المدبّرة يرسل المتوكل إلى المدينة أحد أعوانه "يحيى بن هرثمة" بهدف إحضار الإمام الهادي (ع) إلى سامراء والتحرّي عن صحّة نيّة الامام (ع) مناهضة السلطة.

المتوكل أقصى الامام الهادي (ع) عن قاعدته الشعبية :
واستهدف المتوكل من هذا الإجراء: أولاً: فصل الامام الهادي (ع) عن قاعدته الشعبية الواسعة والموالية في مدينة الرسول (ص) وسائر البلاد الاسلامية. الأمر الذي كان يقلق السلطة لذلك عندما يصل يحيى بن هرثمة إلى المدينة يقول: "فلما دخلتها ضجّ أهلها وعجّوا عجيجاً ما سمعت مثله فجعلت أسكنهم وأحلف لهم أني لم أؤمر فيه بمكروه".

ثانياً: إدانة الامام (ع) مباشرة. ولذلك قام بن هرثمة بتفتيش دار الامام (ع) تفتيشاً دقيقاً فلم يجد شيئاً سوى المصاحف وكتب الأدعية.

ثالثاً: وضع الامام (ع) تحت المراقبة المباشرة. حيث أكره على مغادرة المدينة المنورة والحضور إلى سامراء بصحبة أفراد عائلته حيث خضع للإقامة الجبرية عشرين عاماً وعدّة أشهر كان الامام (ع) فيها مكرّماً في ظاهر حاله، يجتهد المتوكل في إيقاع حيلة به للحط من مكانته (ع) في قلوب الناس". وما أن دخل الامام الهادي (ع) وأهل بيته سامراء احتجب المتوكل عنه ولم يعيّن داراً لنزوله حتى اضطر الامام (ع) إلى النزول في خان يقال له "خان الصعاليك" وهو محل نزول الفقراء من الغرباء. حيث كان يداهمه الأتراك ويحضرونه ليلاً إلى مجلس المتوكل العامر بالخمر والمجون. ولكن هذه السياسة لم تثمر شيئاً بل كانت ترفع من مكانة الامام (ع) ومقامه واستطاع بذلك أن يكسب ولاء عدد من حاشية المتوكل إلى درجة أن والدة المتوكل كانت تنذر باسمه النذور.

وأمام هذا الواقع قرّر المتوكّل التخلص من الامام الهادي (ع) فسجنه مقدمة لقتله. ولكن إرادة الله سبحانه وتعالى حالت دون ذلك فلم يلبث إلاّ قليلاً حتى هجم عليه الأتراك على المتوكل العباسي في قصره وقتلوه شر قتلة. ولم تنته محنة الامام الهادي (ع) بهلاك الطاغية المتوكل، فقد بقي تحت مراقبة السلطة العباسية باعتباره موضع تقدير الأمة وتقديسها. وثقل على المعتز العباسي ما يراه من تبجيل الناس للامام (ع) وحديثهم عن مآثره وعلومه وتقواه فسوّلت له نفسه اقتراف أخطر جريمة في الاسلام حيث دسّ له السم القاتل في طعامه. فاستشهد الامام علي الهادي (ع) في اليوم الثالث من شهر رجب عام 254 للهجرة على ما استشهد عليه آباؤه الكرام سلام الله عليهم أجمعين وله من العمر ما يناهز الواحد والأربعين سنة.

لقد عانى الامام علي بن محمد الهادي(ع) الكثير والكثير من الظلم والاضطهاد من خلفاء بني العبّاس، فقد عاش مع "المعتصم" ، ثم "الواثق" خمس سنين وسبعة أشهر، ثم "المتوكّل" أربع عشرة سنة، ثم ابنه "المنتصر" أشهراً، ثم "المستعين" سنتين وتسعة أشهر، ثم "المعتزّ" ثماني سنين وستة أشهر.

لقد روت منه رواة الشيعة عجائب الأخبار وحملت غرائب الآثار ومن جملتها : 1ـ زيارة الجامعة الكبيرة في زيارة الأئمة المعصومين سلام الله عليهم أجمعين، جمع في فضائلهم ومناقبهم وأشار إلى درجاتهم الرفيعة ومقاماتهم المنيعة.